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つっこみ目線

日々の雑感、やってみた感想やハウツーを書いていきます。

ApE A plasmid Editorを使ってみる

DNAの配列が手元にあって、手持ちのプライマーで拾えるか拾えないか(つまりシーケンスがマッチしているのかしていないのか、手軽に確かめたいことが良くあった。

今まではわざわざ、アライメントのソフトを使ったりしてたんだけど、実はApEっていう無料エディターが便利なことにようやく気がついた。

MAC/WIN両方イケル。

もちろん、コピペでもいいんだけど、Tools -> Download sequences From NCBIから直接ダウンロード可能。

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配列の青いリンクをクリックしてsaveすると、

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ばっちり配列が入る(普通か)。Enzymes -> Enzyme Selecterで制限酵素一覧が観られる。

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上の双眼鏡ボタンを押せば、目的の配列があるかないか検索することが出来る。ミスマッチの許容数も変更できるし、便利。

なんで今まで知らんかったかなあ。